總體上，孩子的感染以病毒感染占明顯優勢。隨著包括肺炎疫苗在內的多種疫苗的接種，細菌感染的比例越來越小。

早期的細菌和病毒感染臨床表現差異不大。相對而言，細菌感染的中毒癥狀相對嚴重一點（中毒癥狀包括：精神萎靡、淡漠、煩躁不安、持續發熱不退、膚色蒼白、不愿和家人交流等），發生嚴重后果的比例相對高一點（肺炎、腦膜炎、敗血癥等）。但是部分重癥的病毒感染同樣致命（比如重癥手足口病和爆發性心肌炎等）。

目前醫學界沒有一個能快速精確分辨感染是細菌還是病毒的方法。所以判斷孩子是細菌還是病毒感染一直是對醫生的考驗，但可以肯定的是一張血常規和CRP是無法承擔確定感染是病毒還是細菌的重任（有時甚至是誤導），單純依靠血常規和CRP結果判斷感染類型是導致抗生素濫用的一個重要原因。