（一）男性衣原體性尿道炎，又稱為非淋菌性尿道炎（NGU）。是由衣原體感染引起的非急性化膿性尿道粘膜炎性病變。
本病潛伏期比淋病長，約1-3周或數月，主要表現為尿道內不適，刺痛及燒灼感，并伴有不同程度的尿頻、尿急、尿痛，尿痛較淋病為輕。尿道口輕度紅腫并有漿液或粘液膿性分泌物，稀薄而量少，長時期不排尿或早晨首次排尿前可見尿道口分泌物污染內褲，并可見尿道口有“糊口”現象；分泌物少時，于晨起擠壓尿道才流出少量粘液。
沙眼衣原體感染易并發附睪炎，表現為附睪腫大，變硬及觸痛，多為單側，部分患者的抗沙眼衣原體抗體升高，可直接從附睪抽吸液中分離出沙眼衣原體；累及睪丸可出現睪丸炎，表現為睪丸疼痛、觸痛、陰囊水腫及輸精管變硬變粗；累及前列腺時可出現后尿道、會陰及肛門部位鈍痛或觸痛，可有性功能障礙，直腸鏡檢可觸及有壓痛的前列腺。如前列腺明顯腫大，可壓迫后尿道而出現尿流變細、排尿無力及尿流中斷等；本病還可以合并Reiter綜合征，即關節炎，結膜炎，尿道炎三聯癥。
（二）女性生殖系統衣原體感染癥。
女性感染衣原體不限于尿道，可累及整個泌尿生殖器官，此類感染常因缺乏自覺癥狀或癥狀輕微而忽視了治療，造成傳染源而擴散，形成危害。
女性衣原體感染比男性感染引起的癥狀要多，其主要感染部位為宮頸，其后遺癥多導致不孕癥。
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