男性的臨床表現
男性的臨床表現應從尿道觀察到整個泌尿生殖道。需要提醒的是：至少50%的男性患者和70%的女性患者沒有任何癥狀。有癥狀的可表現為以下幾種：
一、三男性尿道炎潛伏期平均１～3周，男性患者表現為尿道炎，有尿痛或尿道分泌物。尿痛癥狀比較輕，有時僅表現為尿道的刺痛和癢感，尿道分泌物為漿液性或黏液膿性，較稀薄，量也較少，有些患者晨起時會發現尿道口有少量分泌物結成痂封住了尿道口（糊口現象）或內褲被污染。體檢可見尿道口輕度紅腫。
二、前列腺炎患者出現會陰部及其周圍輕微疼痛或酸脹感，伴有直腸墜脹感。檢查時前列腺呈不對稱腫大、變硬或有硬結和壓痛。尿中可出現透明絲狀物或灰白色塊狀物，大約半數以上的衣原體前列腺炎患者訴有排精痛。
沙眼衣原體泌尿生殖道感染的判定困難：從臨床到化驗
三、附睪炎患者常出現不對稱的附睪腫大、疼痛、水腫、硬結、局部或全身發熱，硬結多發生在附睪的曲細精管，可觸及痛性的硬結。有時睪丸也可累及，出現睪丸腫大、疼痛及觸痛、陰囊水腫和輸精管變粗等（圖4）。
四、直腸炎患者多有肛門性交史，包括同性戀男性和異性戀女性，可無任何癥狀，也可出現肛門疼痛、出血、黏液分泌物和腹瀉等。
女性的臨床表現
女性需要從宮頸觀察到整個生殖道和盆腔，包括泌尿系統和肝周炎。
一、女性黏液性宮頸炎潛伏期平均1～3周，主要表現為宮頸內膜炎，宮頸有充血、水腫、觸之易出血，黃色黏液膿性分泌物增多及下腹部不適等癥狀，陰道壁黏膜正常。也有相當數量的患者癥狀輕微或無任何臨床癥狀。患者還可伴尿急、尿痛等尿道炎癥狀。
沙眼衣原體泌尿生殖道感染的判定困難：從臨床到化驗
二、女性衣原體尿道炎的特點是癥狀不明顯或無癥狀。僅約50%的患者有尿頻及排尿困難，可有尿急，但無尿痛癥狀或僅有輕微尿痛。尿道口充血潮紅，微腫脹或正常，擠壓時常有少量蛋黃色分泌物溢出，也可自行溢出少量分泌物。
三、子宮內膜炎患者先有或同時伴有衣原體宮頸炎，臨床常可表現為下腹痛和不正常的陰道出血。
四、附件炎常先有或同時伴有衣原體宮頸炎或子宮內膜炎。急性發病時下腹疼痛、壓痛、反跳痛或有膀胱刺激癥狀，常伴發熱；病情嚴重時可有高熱、寒戰、頭痛、食欲不振等；病情較輕時，下腹部可有輕微疼痛，血沉稍快。僅有少數患者可捫及增粗的輸卵管或炎性腫塊，造成輸卵管黏連等后遺癥，導致輸卵管性不孕。
五、盆腔炎主要表現呈急腹癥樣，如腹痛、壓痛及反跳痛，常伴有發熱及腰痛。近一半男性沙眼衣原體泌尿生殖道感染者可以不出現任何臨床癥狀（包括患者自覺癥狀和醫生在體格檢查中的陽性發現），75%的女性沙眼衣原體泌尿生殖道感染者可無癥狀。病情隱匿，導致無法及時診治，長期的隱匿感染，可導致慢性感染，使治療更加困難。
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